Marianne Werefkin nasce a Tula il 29 agosto 1860. Il padre, all'epoca comandante del reggimento Ekaterinburg, apparteneva ad una vecchia famiglia aristocratica moscovita; la madre discendeva da un'antica stirpe principesca cosacca. Fu la madre, pittrice di icone e ritrattista, a scoprire e assecondare il talento della figlia procurandole una solida istruzione artistica. Nel 1880 Marianne diventa allieva privata di Il'ja Repin, il più illustre esponente del realismo russo; nel 1883 si iscrive all'Accademia moscovita sotto la direzione di Illarion M. Prjanišnikov, uno dei pittori di maggior spicco tra gli Ambulanti, gruppo di artisti impegnato a portare l'arte al popolo attraverso mostre itineranti in tutta la Russia.

Nel 1886 il padre di Marianne, diventato generale, viene nominato comandante della fortezza di Pietro e Paolo a San Pietroburgo. Qui avvenne nel 1892 l'incontro con Alexej Jawlensky, giovane ufficiale, che condizionerà tutta la vita di Werefkin: minore di lei di quattro anni, seguiva anch'egli i corsi serali all'Accademia di Repin. Fu l'inizio di una relazione straordinaria in cui la Werefkin rinunciando per dieci anni alla sua pittura si dedicò interamente alla promozione dell'arte di Jawlensky, con l'obiettivo di farne il profeta della Nuova Arte, arte che lei, in quanto donna, riteneva di poter solo annunciare, ma non realizzare.

Nel 1896, si trasferisce con lui a Monaco di Baviera. Il suo salotto diviene un animato punto d'incontro dell'avanguardia intellettuale e artistica internazionale. Vi si riuniscono in accese discussioni sui temi più attuali dell'arte Kandinskij, Gabriele Münter, Franz Marc, Paul Klee, Kubin, Nolde, il compositore e pittore Schönberg, il danzatore Alexander Sacharoff, Sergej Djagileve molti altri. Fulcro delle discussioni è la Werefkin, che vi prodiga la sua eccezionale cultura, alimentata da letture aggiornatissime, in particolare sui movimenti simbolisti, artistici e letterari, ma anche scientifici. Le sue idee, consegnate nei suoi scritti, anticipano quelle di Kandinskij, quelle stesse di Worringer sull'empatia. La sua conoscenza delle nuove teorie e tendenze artistiche francesi (cloisonnisme, Pont-Aven, Nabis) è chiaramente in anticipo su quelle dei suoi amici.

Quanto le sue concezioni fossero avanzate lo dimostrano le "Lettres à un inconnu", appassionato diario, scritto dal 1901 al 1905, in cui la Werefkin confida a un suo immaginario interlocutore la sua aspirazione verso un'arte nuova che riconcili l'individuo con il mondo, fondi in una sintesi il visibile e l'invisibile, il sensibile e il trascendente. Il testo è una miniera di riflessioni filosofico-estetiche che mostrano la profondità e modernità del pensiero della Werefkin. Nel 1906, essa riprende, quarantenne, a dipingere. Nel 1909 la troviamo cofondatrice della Neue Künstlervereinigung München. Partecipa ad esposizioni del Cavaliere azzurro, in particolare presso la celebre Galleria Der Sturm di Herwarth Walden, a Berlino.

Allo scoppio della guerra del 1914 lei e Jawlensky sono costretti a lasciare precipitosamente la Germania. Si stabiliscono dapprima a Saint-Prex, poi, nel 1917, a Zurigo, dove frequentano l'ambiente Dada. La Werefkin espone presso la Galleria Coray. Quindi, per curare la "grippe" di Jawlensky, si installa con lui ad Ascona. Siamo nel 1918, nel 1921 si consuma la rottura tra i due. Jawlensky parte per Wiesbaden, forte del sostegno di Emmy Scheyer che nel frattempo aveva intrapreso l'organizzazione di mostre di suoi quadri in Germania, e sposa Helene Nesnakomoff. La Werefkin l'aveva assunta al suo servizio nel 1895 ed egli ne aveva avuto, nel 1902, il figlio Andreas. L'impossibile patto ideale stretto tra lui e la Werefkin era irrimediabilmente infranto.

Nel 1921 la Werefkin partecipa alla Biennale di Venezia. Nel 1922 è cofondatrice del Museo comunale, creato con la donazione di loro opere da parte di artisti legati ad Ascona. Nel 1924 fonda con altri sei artisti stranieri il gruppo dell'Orsa Maggiore e nel 1928 espone con alcuni di loro a Berlino, Ginevra, Basilea e Lucerna. Persa con la rivoluzione russa la forte rendita erogatale dallo zar e senza più mezzi, la Werefkin si improvvisò venditrice di medicinali, dipinse in serie cartoline di genere. Sopravvisse, in realtà, con l'aiuto di pochi amici, di fedeli collezionisti e anche di alcuni cittadini di Ascona, in primis i suoi generosi locatori. La sua integrazione nella vita del paese fu totale. Vicinissima alla popolazione locale, fu chiamata affettuosamente la "nonna" di Ascona. Lei che nei suoi primi scritti aveva declamato: "J'aime les choses qui ne sont pas", "je suis insatiable dans la vie de l'abstraction" dirà più tardi "Ascona mi ha insegnato a non disprezzare niente di umano, ad amare allo stesso modo la grande felicità del processo creativo e la miseria dell'esistenza, a considerarli il grande tesoro dell'anima."